Четырнадцать лет прошли начиная с Третьего Воздействия все же Ангелы продолжают свои нападения на человечество. Икари Синдзи спасен от Единицы Evangelion 01 и находит, что вещи изменились, но не к лучшему: мир был опустошен, его бывшие союзники от NERV стали враждебными к нему и Аянэми Рей, девочка Синдзи рискнула всем для, нигде не найти. Поскольку он пытается приспособиться к этому странному новому миру, Синдзи оказывает поддержку загадочному Nagisa Kaworu.
Вместе в их поиске Rei, пара изучает ужасные истины позади Ангелов, NERV и Evangelions. Но слабый проблеск надежды остается для этих двух мальчиков: единственная возможность отменить ошибки прошлого. Теперь остатки человечества после них, гонка Ангелов, чтобы остановить их, и их старые друзья объявили их врагом государства номер один. С только Kaworu, чтобы поддержать его и весь мир против него, Синдзи должен бороться за свой один шанс для выкупа. Но это может означать заканчивать то, что он начал — конец света.
