Гелиополь, так называемая нейтральная космическая колония содержала сверхсекретную экспериментальную установку оружия, производя Gundams для Союза Земли. ZAFT, который составлен из Координаторов (генетически модифицированный / обновил людей), атакует Гелиополь, крадя 4 из 5 Gundams Союза. В поле боя гражданское лицо Кира Ямато натыкается на Ударение, последний оставшийся Gundam союза, и нашпиговано к пробе это. Посреди сражения он встречается со своим лучшим другом, Атруном Зэлой, как один из налетчиков 5 Gundams, кто стороны с ZAFT. Будучи Координатором, он - единственный, кто может проба Gundam. Но Кира не с ZAFT, даже при том, что они - его собственный вид, ни Союз. Так как Союз - единственное, помещают, он мог перевернуть к в то время, он стороны с ними. Он пробы Gundam, чтобы защитить его друзей, и бороться против его лучшего друга, который боли они оба. Это - война между отдельными убеждениями.
