В 2012 году Токио внезапно подвергается нападению таинственным устройством под названием MU.At, то время Kamina Ayato является только регулярным учеником средней школы. Его родительский элемент скончался, когда он был молод, и его родительские работы для правительства. Ayato встречает таинственную женщину по имени Mishima Reika и обнаруживает существование крыльями с ангелом гигантского робота, RahXephon. Удивительно RahXephon может синхронизироваться с Ayato. Таким образом, он мог быть ключом, чтобы спасти Черный лак?
