В 2167, вспышка сверхновой звезды захватила Землю с волной электромагнитной энергии, переворачивая растительность неба и вызывая бесчисленные бедствия. После восстановления с той первой волны человеческий род начинал поднимать оборону, чтобы защитить себя, и к 2356 году, сеть шести Основ (кружащийся космические станции) теперь охраняет Землю от второй волны сверхновой звезды, которая, как ожидают, придет позже в том году. Каждая Основа содержит среднюю школу для того, чтобы обещать молодым космонавтам-стажерам, и нетерпеливый 15-годовалый Shima Katase был только что принят к Stellvia, 2-ой Основе. Подружившись, собираясь классифицировать, учась космическому кораблю буферного фонаря - это - вся часть опыта средней школы, сотен миль выше Земли на борту космической станции Stellvia.
